1. Sigolo-golo - Giriasih, Kec. Purwosari
2. Langse - Giricahyo, Kec. Purwosari
3. Cemplong - Giricahyo, Kec. Purwosari
4. Jlamprong - Giricahyo, Kec. Purwosari
5. Tapan - Girijati, Kec. Purwosari
6. Suci - Girijati, Kec. Purwosari
7. Dagang - Girijati, Kec. Purwosari
8. Sumurup - Giritirto, Kec. Purwosari
9. Ploso - Giritirto, Kec. Purwosari
10. Cerme - Giritirto, Kec. Purwosari
11. Kesirat - Girikarto, Kec. Panggang
12. Gebangtinatar - Giriharjo, Kec. Panggang
13. Kaligede - Giriharjo, Kec. Panggang
14. Banyaksogo - Giripurwo, Kec. Purwosari
15. Cikal - Girisekar, Kec. Panggang
16. Watukebo - Girimulyo, Kec. Panggang
17. Gebang - Girisuko, Kec. Panggang
18. Sodong - Giriwungu, Kec. Panggang
19. Banteng - Krambilsawit, Kec. Saptosari
20. Ngobaran - Kanigoro, Kec. Saptosari
21. Rancang Kencono - Bleberan, Kec. Playen
22. Nogosari - Plembutan, Kec. Playen
23. Dengok - Dengok, Kec. Playen
24. Maria Tritis - Giring, Kec. Paliyan
25. Grengseng - Kemadang, Kec. Tanjungsari
26. Nguluran - Banjarejo, Kec. Tanjungsari
27. Kedokan - Sumberwungu, Kec. Tepus
28. Slili - Sidoharjo, Kec. Tepus
29. Sundak - Sidoharjo, Kec. Tepus
30. Toto - Ngeposari, Kec. Semanu
31. Semuluh - Ngeposari, Kec. Semanu
32. Ngreneng - Ngeposari, Kec. Semanu
33. Jlamprong - Ngeposari, Kec. Semanu
34. Jomblang - Ngeposari, Kec. Semanu
35. Gesing - Ngeposari, Kec. Semanu
36. Sinden - Ngeposari, Kec. Semanu
37. Ngrancah - Candirejo, Kec. Semanu
38. Bribin - Dadapayu, Kec. Semanu
39. Kalisuci - Pacarejo, Kec. Semanu
40. Wotlemah - Pacarejo, Kec. Semanu
41. Gedilan - Pacarejo, Kec. Semanu
42. Grubug - Jetis, Kec. Semanu
43. Ceblog - Pucanganom, Kec. Rongkop
44. Braholo - Semugih, Kec. Rongkop
45. Ngricik - Melikan, Kec. Rongkop
46. Ngerong - Karangwuni, Kec. Rongkop
47. Greweng - Jepitu, Kec. Girisubo
48. Pindul - Bejiharjo, Kec. Karangmojo
49. Glatik - Bejiharjo, Kec. Karangmojo
50. Longop - Ngipak, Kec. Karangmojo
51. Sioyot - Bejiharjo, Kec. Karangmojo
52. Seropan - Gombang, Kec. Ponjong
53. Gremeng - Umbulrejo, Kec. Ponjong
54. Lowo - Umbulrejo, Kec. Ponjong
55. Cokro - Umbulrejo, Kec. Ponjong
56. Songgilap - Kenteng, Kec. Ponjong
57. Paesan - Tambakromo, Kec. Ponjong
58. Gadung - Pundungsari, Kec. Semin
59. Pari - Karangtengah, Kec. Wonosari
60. Bening - Karangtengah, Kec. Wonosari
61. Ngingrong - Mulo, Kec. Wonosari
62. Mangir - Kec. Girisubo
----------------------------
Keterangan: Kec. = Kecamatan
Sumber: Data Potensi Kebudayaan dan Kepariwisataan Kabupaten Gunungkidul Tahun 2012.
Selain terdapat 62 goa tersebut, potensi kawasan karst Gunungkidul yang luas dimungkinkan masih menyimpan beberapa goa yang belum teridentifikasi.
